František sa stal známy liberálnejším prístupom k sociálnym otázkam a postojom k morálnym témam. Kritizoval cirkev za jej prehnanú sústredenosť na témy ako homosexualita, interrupcie či antikoncepcia, čo vyvolalo diskusie o možných zmenách v katolíckej doktríne.
V novembri 2013 vydal exhortáciu Evangelii Gaudium („Radosť z evanjelia“), v ktorej ostro kritizoval ekonomickú nerovnosť. V roku 2015 prišiel s encyklikou Laudato si’, kde označil environmentálnu krízu za morálny problém.
V roku 2016 sa stretol s ruským pravoslávnym patriarchom Kirillom, čo bolo prvé stretnutie predstaviteľov katolíckej a ruskej pravoslávnej cirkvi po takmer 1000 rokoch. V tom istom roku vydal exhortáciu Amoris Laetitia („Radosť z lásky“), v ktorej vyzýval kňazov na súcitnejší prístup k rozvedeným a homosexuálnym veriacim.
V roku 2018 pápež zmenil katechizmus katolíckej cirkvi a vyhlásil trest smrti za neprípustný. V roku 2019 sa stal prvým pápežom, ktorý navštívil Arabský polostrov.
V posledných rokoch sa František potýka s viacerými zdravotnými komplikáciami. V mladosti mu pre vážny zápal pľúc museli odstrániť ich časť a problémy s dýchaním sa mu vrátili v roku 2023. Trpel bronchitídou, ktorá prešla do závažnej infekcie.
V roku 2021 podstúpil operáciu hrubého čreva, pri ktorej mu odstránili 33 cm črevného traktu. Špekulovalo sa, že má rakovinu, čo však sám poprel.
Dlhé roky trpí ischiasom, čo mu spôsobuje bolesti chrbta a nôh. Tento zdravotný problém ho v roku 2020 donútil vynechať silvestrovskú a novoročnú omšu vo Vatikáne. Kvôli problémom s kolenom odmietol ďalšiu operáciu a rozhodol sa pre alternatívne metódy liečby.
Jeho zhoršujúci sa zdravotný stav ovplyvnil aj jeho cestovný program – v roku 2022 zrušil plánované návštevy Libanonu, Konga a Južného Sudánu.